Utilizando Oracle SQL Developer com o MS SQL Server 2008 R2
Oracle SQL Developer é um software gratuito para acesso a banco de dados Oracle. Com ele é possível conectar a outros bancos de dados utilizando drivers JDBC de terceiros como Microsoft SQL Server, MySQL, ACCESS, e SyBase.
Como o driver JDBC da Microsoft não funciona corretamente com o Oracle SQL Developer é necessário utilizar o JTDS. O mesmo está disponível para download na página da Sourceforge. Faça o download da versão JTDS 1.2.7 Dist, testei outras versões do JTDS e as mesmas não funcionaram.
Descompacte o arquivo jtds-1.2.7-dist.zip e copie o jtds-1.2.7.jar para a pasta SQL Developer/Drivers. Crie a pasta Drivers caso não exista.
Para utilizar a autenticação do Windows é necessário copiar o arquivo jtds-1.2.7-dist\x86\SSO\ntlmauth.dll para a pasta \jdk\jre\bin.
Para habilitar o SQL Server, no Oracle SQL Developer, basta adicionar o driver jtds-1.2.7.jar em Ferramentas > Banco de dados > Drivers JDBC de Terceiros.

Feito os passos anteriores, basta criar um nova conexão SQL Server e configurá-la.

Versões utilizadas:
Oracle SQL Developer: 3.2.20.09
Driver JTDS 1.2.7 Dist
Java SE Development Kit 6.45 (JDK 6U45)

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"Meus filhos terão computadores, sim, mas antes terão livros. Sem livros, sem leitura, os nossos filhos serão incapazes de escrever - inclusive a sua própria história." (Bill Gates)